Στο Π.Μ.Σ προβλέπεται η καταβολή τελών φοίτησης που ορίζεται στο ποσό των τεσσάρων χιλιάδων Ευρώ (4.000,00€) για κάθε πλήρη κύκλο σπουδών και τα οποία οι μεταπτυχιακοί φοιτητές οφείλουν να καταβάλλουν σε τέσσερις ισόποσες δόσεις κατά την έναρξη κάθε εξαμήνου.

Δικαίωμα για τη χορήγηση δωρεάν φοίτησης λόγω οικονομικών ή κοινωνικών κριτηρίων έχουν όσοι μεταπτυχιακοί φοιτητές πληρούν αφενός το κριτήριο αριστείας κατά τον πρώτο κύκλο σπουδών, σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία και αφετέρου τα οικονομικά κριτήρια που ορίζει η ελληνική νομοθεσία, δηλαδή λόγω χαμηλών οικονομικών πόρων βάσει του εθνικού διάμεσου διαθέσιμου ισοδύναμου εισοδήματος. Οι ειδικότεροι όροι και προϋποθέσεις του δικαιώματος της δωρεάν φοίτησης στο Π.Μ.Σ. περιγράφονται στην ισχύουσα νομοθεσία.

Σε κάθε περίπτωση, οι απαλλασσόμενοι φοιτητές δεν θα πρέπει να ξεπερνούν το ποσοστό του τριάντα τοις εκατό (30%) του συνολικού αριθμού των φοιτητών που εισάγονται στο Π.Μ.Σ. Αν οι δικαιούχοι υπερβαίνουν το ανωτέρω ποσοστό, επιλέγονται με σειρά κατάταξης ξεκινώντας από αυτούς που έχουν το μικρότερο εισόδημα.

Η αίτηση απαλλαγής τελών φοίτησης υποβάλλεται από τον ενδιαφερόμενο στη Γραμματεία του Προγράμματος ύστερα από την ολοκλήρωση της διαδικασίας επιλογής των φοιτητών/τριών στο Π.Μ.Σ. Η δυνατότητα απαλλαγής από την υποχρέωση καταβολής τελών φοίτησης δεν παρέχεται όταν λαμβάνεται υπογροφία από άλλη πηγή, ούτε από πολίτες χωρών εκτός Ε.Ε.